Makna Logo Mazhab Indonesia adalah sebagai berikut:
- Gunungan Wayang sebagai rumah besar bangsa-bangsa yang membentuk sejarah, peradaban, budaya, tradisi, filsafat, ideologi, sosial, dan manusia dari sejak kelahirannya hingga kembali kepada sang pencipta;
- Manunggalistiwa sebagai hakim zaman yang bergerak mengikut siklus keseimbangan alam semesta yang ditunjukkan melalui delapan model tata bawana alam semesta (kosmik) yang selalu berputar secara terus menerus membentuk jembatan peradaban/antarzaman;
- Bunga Teratai sebagai ruang kemakmuran dunia “Haryapatih” yang ditunjukkan melalui delapan bunga teratai yang mengapit setiap masa kepemimpinan dunia;
- Manunggalisme sebagai pemikiran utama yang akan mengantarkan manusia pada perjalanan hidup bersatunya manusia dengan alam semesta dan sang pencipta;
- Mazhab Indonesia sebagai dasar paradigma, filsafat, dan teori dalam melihat dunia (worldview) berdasarkan nilai-nilai Kemanunggalan Dunia “Manunggalisme” baik di ruang ontologi, epistemologi, aksiologi, dan eskatologi tata bawana alam semesta (kosmik).
- Pita Emas sebagai sifat dasar “Manusia Manunggalian”, yaitu manusia yang selalu memancarkan jiwa-jiwa kesatria dalam mengembangkan ilmu pengetahuan melalui aktif berfilsafat di kekuatan lisan (diskusi), tulisan (publikasi) dan gerakan (advokasi).
- Perisai Lingkaran Hitam sebagai Mandala Dunia untuk pelindung, penyemangat, dan pemersatu tokoh-tokoh filsuf indonesia dalam menjalankan peran sebagai penggerak zaman Manunggalian, yaitu manunggalisasi sebagai proses Pemurnian Dunia sepanjang masa
- Perisai Lingkaran Emas sebagai Simpul Perdamaian Manunggal yaitu hasil akhir dari pemurnian dunia dengan diselenggarakannya Hubungan Antarbangsa/Hubungan Dunia melalui Pranata Dunia untuk menjalankan nilai-nilai Kemanungglan Dunia yaitu gotong royong, kesatuan, dan kerukunan bangsa-bangsa di seluruh dunia.